惠能父亲早亡，家境贫穷以卖柴为生。一次，惠能卖柴回家的路上听到有人读诵《金刚经》，便萌生学习佛法之念。他去黄梅山拜谒五祖弘忍，由此开始了学佛生涯。
其时弘忍年事已高，急于传付衣法，遂命弟子作偈以呈，以检验他们的修炼水平。神秀上座呈偈曰：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，莫【勿】使惹尘埃。”弘忍以为未见本性，未传衣法。
惠能听后亦诵一偈，请人代劳题于壁上：“菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃。”弘忍见后，招惠能登堂入室为其宣讲《金刚经》，并传衣钵，定为传人。此时六祖，受命南归。
神秀偈 身是菩提树，心如明镜台。时时勤佛拭，勿使惹尘埃。 惠能偈 菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。 惠能偈（其他版本） 菩提本无树，明镜亦无台。佛性常清净，何处有尘埃。 心是菩提树，身为明镜台。明镜本清净，何处染尘埃。 菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何假拂尘埃。
惠能归岭南后，于唐高宗仪凤元年（676年）正月初八到广州法性寺。印宗法师在该寺内讲《涅盘经》之际，“时有风吹幡动，一僧曰：风动；一僧曰：幡动；争论不休，惠能进曰：不是风六祖砍竹图
动，亦非幡动，仁者心动”。印宗闻之竦然若惊。知惠能得黄梅弘忍真传，遂拜为师，并为之剃度。
仪凤二年（677年），韶州刺史韦璩仰其道风，率同僚入山请惠能入城，于大梵寺讲堂为众说法，兼授无相戒。僧尼道俗集者千余人，门人法海编录其法语。。
惠能到曹溪宝林寺（今广东韶关南华寺），弘扬禅宗，主张“顿悟”，影响华南诸宗派，人称“南宗”，在此传法长达37年之久。当时，六祖惠能的同门师兄神秀，主张“渐悟”，在华北势力颇盛，号称“北宗”。神龙元年(705年)，武则天和唐中宗即遣内侍薛简往曹溪召其入京。惠能以久处山林，年迈风疾，辞却不去。薛简恳请说法，将记录带回报命。中宗因赠摩纳袈裟一领及绢五百匹以为供养。并命改称宝林寺为中兴寺，由韶州刺史重修，又给予法泉寺额，并以惠能新州故宅为国恩寺。
唐玄宗开元二年（730年），在河南滑台（今滑县）的无遮大会上，惠能弟子荷泽神会辩倒了神秀门人崇远、普寂，使得“南宗”成为中国禅宗正统。
延和元年(712年)惠能回至新州，命门人建报恩塔。唐玄宗先天二年（713年），圆寂于新州国恩寺，世寿七十六，唐宪宗谥号大鉴禅师。惠能圆寂后，其真身不坏，被运回韶州（今广东韶关）曹溪，其门人裹综涂漆，保持其生前形像。其肉身像至今还保存在南华寺，供奉在灵照塔中。
柳州刺史柳宗元撰《曹溪第六祖大鉴禅师碑并序》。元和十年(815年)刘禹锡因曹溪僧道琳之请，撰《曹溪大师第二碑》。